深圳市個人獨資企業設立登記有兩種辦理方式。
一、網上辦理流程
1、申請人登錄廣東政務網珠海市在線填寫業務表單并提交電子材料，提出申請事項，登記機關對網上填報的申請文件、材料進行預核對。
2、對申請文件、材料不齊全或者不符合法定形式的，登記機關在1個工作日內通過網上一次性告知申請人需要補正的全部內容，申請文件、材料齊全且符合法定形式的，登記機關預核對。預核對通過的，告知申請人到窗口提交紙質文件，對紙質文件齊全并符合法定形式的，當場予以決定;不符合條件的，當場一次性告知申請人要補正的材料再通過廣東政務網深圳市申報。
3、登記機關作出決定：予以登記/備案的，出具《備案通知書》/《營業執照》并告知申請人自決定之日起10日內現場領取;不予登記/備案的，出具《駁回通知書》，并說明不予登記/備案的理由，并告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。
二、窗口辦理流程
1、登記機關應接收通過窗口提出辦理本行政許可的申請，按規定核對申請人提交的申請材料。
2、登記機關將根據申請材料核對情況作出是否受理的決定，申請材料齊全、符合法定形式的，登記機關應當決定予以受理并出具《受理通知書》;如申請材料存在可以當場更正的錯誤的，應當允許有權更正人當場予以更正，由更正人在更正處簽名或者蓋章、注明更正日期;經確認申請材料齊全，符合法定形式的，應當決定予以受理并出具《受理通知書》;如申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當當場口頭告知申請人需要補正的全部內容，將申請材料退回申請人并決定不予受理。材料不齊全或不符合法定程序的，不予受理的，應當出具《不予受理通知書》，并注明不予受理的理由。
3、登記機關收到登記申請后，應當在1個工作日內對申請材料是否齊全、是否符合法定形式進行審查。申請材料齊全是指珠海市工商行政管理局《商事登記提交材料規范》和《商事登記申請文書規范》公布的要求申請人提交的全部材料。申請材料符合法定形式是指申請材料符合法定時限、記載事項符合法定要求、文書格式符合規范。
4、登記機關作出許可決定，準予許可的，出具《營業執照》,申請人自決定之日起10日內現場領取。不準予許可的，出具《駁回通知書》，并說明不準予登記的理由，并告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。